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                    染色质免疫共沉淀(ChIP-Seq/qPCR)
染色质免疫共沉淀(ChIP-Seq/qPCR)
适配多类型样本
互作机制研究
质控严格
服务特色
ChIP-seq是目前最成熟的蛋白质与DNA互作研究方法。
服务介绍
服务流程
客户提供
交付内容
服务说明
常见问题

服务介绍/Introduction 

ChIP-seq(Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing)是染色质免疫共沉淀和第二代高通量测序技术的结合,通过组蛋白/转录因子的特异性抗体,将特定的蛋白与DNA复合物沉淀下来。从而获取结合的DNA片段,再通过高通量测序技术,即可获得相应的片段信息。

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 适用场景

转录因子结合位点:鉴定特定转录因子在基因组上的精确结合位置;

✪ 基因调控机制:结合转录组数据,解析转录因子或组蛋白修饰如何直接调控下游靶基因的表达;

✪ 全基因组结合:ChIP-seq用于无偏倚地鉴定全基因组范围内的所有结合位点;

✪ 特定区域验证:ChIP-qPCR用于快速验证蛋白质在已知候选DNA区域上的富集情况;

✪ 外源蛋白检测:通过检测Flag、GFP等标签的抗体,研究外源表达蛋白的结合图谱。


 特色服务 

 ✪ 全流程服务:服务涵盖全流程实验,高效完整; 

 ✪ 个性化方案:根据实验目的提供专属实验方案及解决方案; 

 ✪ 完整数据链:详实的试验记录、完整的原始数据及详细的技术检测报告,为您的科研保驾护航; 

 ✪ 超长的售后:1年超长售后,含样本保存及疑问解答等。

服务流程/service process

服务流程图3.png

客户提供/Customer provides

样本信息

✪  蛋白信息:名称+物种/登录号/序列;

✪  抗体信息:ChIP级抗体≥20 μL/样,需明确物种信息、稀释比等;


送样要求

✪  基因模板:基因片段≥ 5μL,浓度≥50 ng/μL;干冰运输;

  组织:动物组织≥2 g;植物组织≥5 g;新鲜取材,干冰运输;

✪  质粒:≥4 μg/样;需提供测序结果及抗性等信息;干冰运输;

✪  甘油菌:50 μL/样;保存1年以上的甘油菌需进行活化后送样;冰袋运输;

✪  细胞:≥ 1×107/样;离⼼后收细胞沉淀,沉淀体积约为80-100 μL;干冰运输;复苏细胞常温运输。

注:特殊条件及样品请详询。

交付内容/Delivered content

✪  目的基因的质粒1 μg,测序报告;

✪  相关基因功能分析;

✪  所有原始数据;

✪  检测实验报告。

注:以上均为常规提供,特殊要求请详询。

服务说明/Service Specification

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常见问题/Service Specification

Q: 组蛋白修饰 ChIP 实验结果重复性差,批次差异大怎么解决?
A: 组蛋白修饰 ChIP 结果不稳定、批次差异明显,主要是细胞代数与培养条件不统一、抗体批次不同、交联和超声操作不标准化、环境温度波动影响实验体系,可固定使用同一代数、同一培养条件的细胞,统一选用同批号 ChIP 验证抗体,标准化交联、超声、孵育及洗涤全套流程,通过 Combat 算法校正批次效应,同时设置生物学重复和技术重复,保障组蛋白修饰检测结果稳定可重复。
Q: ChIP 超声总是片段大小不均匀,影响后续测序和 qPCR 如何解决?
A: 染色质超声片段大小参差不齐,多与细胞交联过度、超声功率不稳定、样本浓度过高及超声冰浴控温不到位有关,实操中需统一细胞上样量、适度控制交联程度,全程冰浴间断超声避免过热,梯度调试超声功率与循环次数,配合琼脂糖凝胶电泳实时监测片段分布,筛选出均一的 150–500 bp 片段用于后续实验,保证结果重复性。
Q: ChIP 实验信噪比低、特异性条带不明显怎么办?
A: ChIP 实验信噪比偏低、特异信号弱,主要由甲醛交联时间不当、超声破碎染色质片段大小不均、ChIP 级抗体特异性不足、洗涤强度不够以及非特异结合过多导致,实验中需控制甲醛交联 10–15 分钟终止反应,优化超声参数将染色质片段控制在 150–500 bp 范围,选用经过 ChIP 验证的特异性抗体,梯度加强洗涤严谨去除非特异结合,同时设置 Input 和 IgG 对照校正背景,可显著提升信噪比与实验可靠性。
Q: 分子互作结果无法重复、时有时无,怎么破?
A: 分子互作实验结果难以重复、信号时有时无,核心原因在于细胞批次与代数差异、实验操作未标准化、样本状态不稳定以及弱相互作用易受环境条件波动影响;可通过统一使用同一批次、相同代数的细胞,严格在 4℃、14000 g 条件下裂解 15 min,把控孵育时长并保持全程持续旋转,磁珠提前预洗两次,选用同一批号抗体,关键实验至少设置三次生物学重复与技术重复,以此实现实验流程标准化,保证结果稳定可重复。
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