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Q:ChIP 实验信噪比低、特异性条带不明显怎么办?
A:ChIP 实验信噪比偏低、特异信号弱,主要由甲醛交联时间不当、超声破碎染色质片段大小不均、ChIP 级抗体特异性不足、洗涤强度不够以及非特异结合过多导致,实验中需控制甲醛交联 10–15 分钟终止反应,优化超声参数将染色质片段控制在 150–500 bp 范围,选用经过 ChIP 验证的特异性抗体,梯度加强洗涤严谨去除非特异结合,同时设置 Input 和 IgG 对照校正背景,可显著提升信噪比与实验可靠性。
Q:贵公司RNA pulldown试剂盒是否包含探针呢?
A:对于贴壁细胞,采用转染试剂转染即可;对于比较难转染的细胞,为提高转染效率,可选购特殊要求的转染试剂或者使用电转的方法,但是由于电转的方法对细胞损伤比较大,该方法未必是最佳的;转染效率的确定,常用的是使用荧光标记的siRNA,通过荧光显微镜,共聚焦显微镜,流式细胞仪检测等方法,但最终以达到基因过表达或者干扰的效率为准。
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